Het resultaat van bijna 400 jaar selectief fokken, historici hebben de neiging het Miniatuurpaardenras te ondersteunen als een afgeleide van vele bronnen. In de prehistorie waren kleine paardenrassen hoogstwaarschijnlijk het product van het overleven van ruwe natuurlijke klimaten en beperkt voer. Tegenwoordig heeft kennis van genetica de mogelijkheid om specifiek op maat te fokken een realiteit gemaakt.

De eerste vermelding van een klein paard dat in de Verenigde Staten werd geïmporteerd was in 1888; en onderzoek toont weinig publieke bewustwording van echte miniaturen tot 1960. De populaire overtuiging is dat Amerikaanse miniatuurpaarden het bloed gebruikten van Engelse en Nederlandse mijnpaarden die in de 19e eeuw dit land binnenkwamen en pas in 1950 werden gebruikt in sommige Appalachian kolenmijnen. Miniatuurpaard, zoals gedocumenteerd in de stambomen van miniaturen vandaag, putte ook uit het bloed van de Shetland-pony. Door zijn kleurrijke verleden was het Miniature Horse-ras gefokt voor huisdieren, nieuwigheid, onderzoek, geldelijk gewin, mijnbouwwerk, tentoonstelling en koninklijke geschenken.